La col·lecció inicial del Museu de Ceràmica de Manises la van constituir els objectes d’art i ceràmica que, junt amb l’edifici, van ser llegats a l’Ajuntament de Manises per José Casanova Dalfó i Pilar Sanchis Causa. Es tractava d’un conjunt heterogeni d’obres entre les quals hi havia peces de ceràmica, així com de vidre i metall, pintures, etc.

Respecte al fons de ceràmica, es comptava amb una bona mostra de peces del segle XIX i de finals del segle XX. Tanmateix, eren escasses les obres dels segles XV al XVIII i de principis del segle XX. Amb els anys, l’incipient repertori ceràmic ha crescut i s’ha especialitzat amb un objectiu: formar una col·lecció representativa de cadascun dels períodes pels quals ha travessat la producció de ceràmica a Manises durant els seus més de 700 anys d’activitat ininterrompuda.

Les principals vies d’entrada d’obres al Museu han sigut i continuen sent les excavacions efectuades al subsòl de la ciutat així com les donacions de veïns i fabricants de la localitat. Menys nombroses, però no menys importants, han sigut les adquisicions, a les quals tots els anys es destina una quantitat de diners. Es tracta de compres selectives i raonades que omplin els buits que hi ha en els fons del Museu i que completen a poc a poc la col·lecció. El Museu compta també amb dipòsits d’institucions o particulars que, sense perdre la propietat sobre les obres, han decidit entregar-les temporalment a l’MCM per a la seua custòdia i exposició. Finalment, des de 1972, els fons augmenten regularment per la celebració del Concurs Nacional de Ceràmica de Manises, certamen que, l’any 1993, es va convertir en Biennal Europea de Ceràmica i, des del 2001, és un concurs de caràcter internacional. Les obres premiades en les diferents edicions passen a ser propietat de l’Ajuntament de Manises i ingressen al Museu per a la seua conservació.

El resultat és un patrimoni ceràmic de més de 5.500 peces produïdes principalment a Manises, amb una cronologia que comprén des del segle XIV fins al XX, així com ceràmica contemporània de creació. A més, el Museu alberga, per la seua importància i influència en la ceràmica local, mostres de produccions no exclusivament maniseres: taulelleria policroma procedent de fàbriques de la ciutat de València, peces confeccionades a l’Alcora i, dins de l’apartat de ceràmica d’art, obres dels artistes Alfons Blat i Arcadi Blasco i els treballs premiats en la Biennal Internacional de Ceràmica de Manises.